Jelölő növényfajok
Az országban előforduló 37 Annex II.-es növényfaj közül 7 növényfajra jelölt KJTT-ket a KNPI. E relatíve kevés faj állományai viszont országosan, sőt az Adenophora liliifolia és az Apium repens kivételével világszinten is kiemelt jelentőséggel bírnak. Az alábbiakban !-al jelölt fajok világállományának többsége a KNPI működési területén található.
A jelölő növényfajok listája, mellette a KNPI működési területén előforduló összállomány. A !-lel jelölt fajok nemzetközi szinten is jelentős jelölő fajok.
| Adenophora liliifolia/csengettyűvirág | 6 tő |
| !Dianthus diutinus/tartós szegfű | kb. 13-14 ezer tő |
| Cirsium brachycephalum/kisfészkű aszat | kb. 30 millió tő |
| Iris humilis ssp. arenaria/homoki nőszirom | kb. 2 millió tő |
| !Colchicum arenarium/homoki kikerics | kb. 3,7 millió tő |
| Apium repens /kúszó zeller | 770 tő |
| !Gladiolus palustris /mocsári kardvirág | kb. 45 ezer tő |
Jelölő állatfajok
Az országban előforduló 114 Annex II.-es (nem madár) állatfajból 35 fajra jelölt KJTT-ket és KTT-ket a KNPI. Két faj, a Dorcadion fulvum cervae és a Vipera ursinii ssp. rakosiensis világállományának döntő része a KNPI működési területén található. Utóbbi itteni becsült állománynagysága kb. 300 pld.
További, országos (és különösen a !-al jelölt fajok esetében nemzetközi) szinten jelentősebb jelölő állatfajok a KNPI működési területén például:
Anisus vorticulus (kis lemezcsiga),
Vertigo angustior (hosszúfogú törpecsiga),
Vertigo moulinsiana (hasas törpecsiga),
!Leucorrhinia pectoralis (piros szitakötő),
Isophya costata (magyar tarsza),
!Carabus hungaricus (magyar futrinka),
Cucujus cinnaberinus (skarlátbogár),
Bolbelasmus unicornis (szarvas ganéjtúró),
!Chondrosoma fiduciarium (magyar ősziaraszoló),
Lycaena dispar (nagy tűzlepke),
Maculinea teleius (vérfű-hangyaboglárka),
Misgurnus fossilis, (réti csík)
!Umbra krameri, (lápi póc)
Bombina bombina (vöröshasú unka)
Triturus cristatus-T. dobrogicus fajpáros, (tarajos gőte, dunai gőte)
Emys orbicularis (mocsári teknős)
Lutra lutra (vidra)
Mustela eversmanni, (molnár, v. réti görény)
Myotis dasycneme, (tavi denevér)
Spermophilus citellus. (ürge)
Jelölő élőhelyek
Az országban előforduló 46 jelölő élőhely közül 16 élőhelytípus fenntartására jelölt ki Natura 2000 területeket a KNPI.
Kiemelten jelentős élőhelytípusok a KNPI működési területén (zárójelben közölt a becsült összkiterjedés az illetékességi területen, !-al jelöltek a nemzetközi szinten is kiemelt jelentőségű élőhelyek, aláhúzással jelöltek azon élőhelyek, amelyek világállományának többsége itt található):
!1530 Pannon szikes sztyeppek és mocsarak (77 ezer ha);
3150 Természetes eutróf tavak (500 ha);
6250 Síksági pannon löszgyepek (160 ha);
6260 Pannon homoki gyepek (40 ezer ha);
!6410 Kékperjés láprétek (1500 ha);
! 6440 Mocsárrétek (10 ezer ha);
7210 Meszes lápok télisással (120 ha);
7230 Mészkedvelő üde láp- és sásrétek (95 ha);
!91E0 Égeres, kőrises, füzes ligeterdők (3500 ha);
91F0 Keményfás ligeterdők (580 ha);
!91I0 Euroszibériai erdőssztyepptölgyesek (130 ha);
91N0 Pannon homoki borókás-nyárasok (10500 ha).
